一是水垢的热导率要比锅炉钢板的小数十倍到数百倍，结垢后会使受热面热交换情况恶化，增高排烟温度、降低锅炉热效率，浪费燃料。
二是影响安全运行。锅炉正常运行时，金属受热后很快将热量传递给锅水，两者温度差约为30℃-100℃。有水垢时，金属传热受阻，因而温度急剧升高，强度显著下降，从而导致受压部件过热变形、鼓包甚至爆破。
三是破坏水循环。锅炉内结生水垢，由于传热不好，使蒸发量降低、减少锅炉出力。若水管内结垢，流通截面积减小，增加了水循环的流动阻力，严重时会将管子完全堵塞，破坏正常的水循环，造成爆管事故。
四是缩短锅炉寿命。附在锅炉受热面上特别是受热面管内的水垢很难消除。除垢时需要经常停炉清洗，增加检修费用，经常采用机械与化学方法除垢会使受热面受到损伤，缩短锅炉的使用寿命。
综上所述，锅炉运行时应严格控制锅内用水达到国家标准；并在运行中防止水垢的生成，而且结垢后，需及时进行处理，必须彻底防止及清除锅炉炉内水垢及控制水质。